Музикаутор се управлява от Общо събрание (ОС), състоящо се от всички членове на организацията. Редовно ОС се свиква веднъж годишно. Оперативното управление на МУЗИКАУТОР се осъществява от Управителния съвет (УС), който провежда заседания поне веднъж месечно, и от изпълнителния директор. Финансовият надзор на дейността на Музикаутор се осъществява от Надзорен съвет.

Дейността на МУЗИКАУТОР се основава на Устава и Правилата за разпределение на инкасираните авторски възнаграждения, които се приемат и изменят от ОС.

Сдружението се представлява от председателя на Управителния съвет, заместник-председателите и изпълнителния директор на МУЗИКАУТОР заедно и поотделно (чл. 37 от Устава).